病情描述：第一次疼痛是左肾贴前左边肚子疼痛、生不如死、休息了一晚上、好点了晚上又开始疼痛、一样的位置、过了几个小时后不疼了、凌晨起来小便的时候、尿出来的是暗红色的尿（全程都是暗红色的）上午尿第二次的时候、恢复正常了、中午第三次还是有点暗红色、但是阴茎根部到小腹开始隐隐的刺痛、最主要的还是阴茎根部（感觉是在尿道里面）不碰阴茎也疼、是那种隐隐刺痛一阵一阵的、没听过、目前为止有四个小时了、之前两天有两次手淫怎么办
这个的话还是和炎症有关系的，如果您期间有手淫的话也是会会引起的，不排除有前列腺炎的
一定要注意好休息和饮食，而且一定要注意身体的锻炼，不要有手淫的习惯的。
很高兴为你解答，根据你讲述的这种症状和病情，考虑是泌尿系结石，建议做彩超进一步确诊，如果确诊有结石需要多喝水，多运动身体促进排出，如果讲述比较大需要进行激光碎石治疗。
以上是对“阴茎根部隐隐刺痛”这个问题的建议，希望对您有帮助，祝您健康！
根据你描述的情况看，这个疼痛情况和小便出血，很可能是尿路结石。
你需要尽快到医院，针对疼痛情况做一个泌尿系的B超，查出疼痛原因之后，才可以正确采取治疗措施。
根据上面的描述，腹痛，血尿，泌尿系结石的可能性比较大，建议去医院就诊，做泌尿系统彩超检查，明确诊断，在医生指导下对症治疗。