习惯性喝水或喝奶时用手摸生殖器

这个有可能是龟头炎导致的，和小孩子包皮过长，包皮垢清洁不到位等等都有关系的，是可以看泌尿外科的
如果检查是龟头炎的话，是可以用高锰酸钾溶液稀释后给孩子坐浴杀菌治疗，平时要注意清洁包皮垢就可以了。

你说的情况，考虑也是孩子自慰的一种表现，通过摸阴茎而获得心里满足，而出现疼痛，多是由于不注意卫生而引起感染而引起。
而这种情况是可以到儿科就诊，通常是可以使用消炎药口服，同时进行阴茎清洗处理，可以配合外用药物外涂。

孩子突然说生殖器疼痛，可能有躯体病变突然导致痛感强烈。
建议领孩子到医院泌尿外科就诊，由医生根据孩子的详细情况及必要的辅助检查结果确定疼痛的原因并决定如何处理。

出现有疼痛的情况多是考虑有平时经常抚摸引起的炎症感染所致，
建议你查一下尿常规检查看看就可以确定，明确以后需要服用消炎药治疗，并逐渐改掉这个习惯，需要到泌尿外科就诊。